管理科学系于2000年成立，下设管理科学、物流管理、国际物流管理（中美合作办学项目）、人力资源管理四个本科专业和管理科学与工程一级学科硕士点。经过20多年建设发展，已向社会输送大量品学兼优的人才，获得政府、企业和社会的高度赞誉，同时每年有三成以上本科毕业生赴国内外著名大学深造。
管理科学系现有全职专业教师39人，教授7人、副教授15人（其中特聘副教授1人）、讲师18人。具有博导资格教师4人，硕导资格教师13人。梯队结构完整，后备人才队伍建设合理。研究领域覆盖物流与供应链管理、环境与创新管理、组织与服务管理等学科方向。本系外聘了美国阿肯色大学、复旦大学、南京大学、哈尔滨工业大学、华东师范大学等多位知名学者担任讲座教授。
人才培养
管理科学专业于2000年正式招生。学生毕业后可在各类工商企业、政府部门、事业单位和行业管理机构从事市场分析、管理运作、项目管理、决策分析、信息管理和数据分析等管理工作，亦可经进一步深造后，进入高校和研究机构。本专业建立了“管理科学教学实验室”，拥有丰富的专业图书和电子期刊库。目前与博世汽车部件（苏州）有限公司等多家企业签订了共建实践基地协议，就业率好且每年均有3-8名毕业生考取研究生或出国深造。
人力资源管理专业于2000年正式招生，是江苏省较早开设人力资源管理专业的211院校之一。目前拥有人力资源管理实验室，教学中秉承“理论研究+专业实践”的人才培养模式，与苏州当地政府、知名企业建立多个校外实习基地（如苏州市人才中心实习基地、苏州工业园区人力资源管理公司实习基地、苏州相城人社局实习基地、中国移动苏州分公司、博世汽车部件（苏州）有限公司实习基地等），为江苏省企事业单位输送了大批优质人才。人力资源管理专业学生毕业后可在企事业单位、政府部门以及咨询机构从事人力资源战略规划、招聘、绩效管理、薪酬管理、员工培训等工作。
物流管理专业于2007年正式招生，是江苏省率先开设物流专业的的211院校之一。本专业充分发挥物流管理专业实用性强的特点，依托苏州物流业发展潜力巨大的地域优势，践行校企合作的办学理念，创建 “企业+专业+师生员工”的人才培养模式（招募国内外的知名物流企业、制造企业等成立教学指导委员会，定期举办企业高管、教师和学生的沟通交流活动，并经常邀请企业高管举办讲座，建立充足的校外实训基地），具有物流管理实验室，ERP 模拟实验室，具备教学实践所需的量化分析，优化，模拟，ERP沙盘模拟等条件,与苏州市多家物流园区、企事业单位有良好的合作关系。物流管理专业的毕业生可在国内外物流企业、制造企业从事采购，生产管理，运输配送、仓储管理、供应链管理、物流系统分析与设计，供应链金融等相关工作。
国际物流管理（中美合作办学项目）是为了进一步适应综合物流全球化发展，依托学科资源优势与美国阿肯色大学（University of Arkansas）合作，开设物流管理（国际供应链方向）本科专业，于2013年正式招生。由中美双方骨干教师授课，属“3+1”本科教育项目，目的是培养在全球及国内著名物流企业、制造企业以及政府管理部门从事国际物流与供应链管理相关工作的高级国际型人才。该专业学生前三年在苏州大学学习，第四年可选择在阿肯色大学学习。若学习期满并修完规定的学分，可获得苏州大学颁发的毕业证书、学位证书以及阿肯色大学颁发的学位证书。
学术资源
目前管理科学系拥有“管理科学与工程”一级学科硕士点。另有研究方向“公共部门人力资源管理”挂靠在“行政管理”硕士点。管理科学系还建立了与本专业相关的研究机构，包括“苏州大学长三角绿色供应链研究院”、“苏州大学人力资源研究所”、“苏州大学物流供应链研究所”。本系还建设有“物流管理模拟实验室”、“管理科学教学实验室”、“人力资源管理实验室”等专业实验室。
管理科学系拥有本专业图书资料及其管理科学类相关图书资料近5.5万册，中外文专业期刊杂志20余种，以及195种电子刊物。
实习基地建设
管理科学系与苏州道鑫供应链管理有限公司、博世汽车部件（苏州）有限公司、苏州工业园区海关、百胜（中国）苏州物流公司、新道科技公司、吴江市物流中心签订了共建教学实习实践基地的协议，还与江苏飞力达国际物流股份有限公司、苏州恒捷国际物流有限公司、苏州新狮人力资源公司达成了共建教学实习基地的意向，同时每年还推荐学生到苏州松鹤楼饮食文化有限公司、DHL全球货运有限公司苏州分公司、苏州苏宁电器有限公司、中国移动苏州公司等企业进行实习；并聘请企业管理者参与教学和人才培养，创新了人才培养模式。
学术成果
近年来，管理科学系教师出版专著（含教材）5部；发表学术论文100余篇，其中SSCI/SCI论文30余篇；主持和参加各级各类科研项目50余项，其中包括国家自然科学基金项目、国家社会科学基金项目、教育部人文社科基金项目、江苏省社科基金项目、市厅级基金项目以及横向合作研究项目等。研究成果获教育部人文社会科学优秀成果奖二等奖1项、江苏省和上海市哲学社会科学优秀成果奖一等奖共2项。