哲学系正式成立于1999年，办学历史可以追溯到20世纪20年代末东吴大学时期。1955年设立马克思主义哲学教研室，1979年开始招收马克思主义哲学专业硕士研究生，是“文革”后全国首批获马克思主义哲学专业硕士学位授予权单位之一。1994年马克思主义哲学专业获评江苏省重点学科，1998年增列为二级学科博士点。1999年哲学系设置哲学本科专业，2003年设立博士后流动站。2004年中国哲学专业增列为二级学科博士点，2005年马克思主义哲学专业获评省国家重点学科培育点，2007年马克思主义哲学课程获评国家级精品课程，2011年获批哲学一级学科博士点。
截止到2022年3月，哲学系现有全职专业教师34人（不含统招博士后），包括教授16人、副教授9人、讲师9人。其中，中央“马工程”专家1人，全国优秀教师1人，教育部优秀青年教师1人，江苏省教学名师1人，江苏社科名家1人，江苏社科英才1人，江苏社科优青2人，江苏双创人才3人，苏州大学特聘教授5人（卓越人才1人，杰出人才3人，精英人才1人）。研究领域涵盖马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、伦理学、科学技术哲学、宗教学、逻辑学、美学、管理哲学、城市哲学等十个二级学科方向。
哲学系现有哲学、思想政治教育（师范类）两个本科专业以及哲学一级学科博士点、硕士点和哲学博士后流动站，开设齐整成熟的硕士、博士学位点方向，其中管理哲学、城市哲学为特色方向、城市哲学博士点为全国唯一，招收本科、硕士、博士不同层级的优秀学生以及博士后研究人员。哲学系是教育部人文社科重点研究基地中国特色城镇化研究中心的创始单位，是两个国家级学术团体（全国马克思恩格斯哲学思想研究会、全国城市哲学思想研究会）的会长单位，拥有东吴哲学研究所、顾炎武研究中心、宗教研究所、中医哲学研究中心、伦理道德与社会发展研究所等多个校级科研机构，主办《东吴哲学》《马克思恩格斯哲学思想研究》两本学术集刊。
近五年，哲学系专任教师主持国家社科基金项目17项（其中重大1项，重点3项），省部级社科基金重大、重点、一般项目13项；在《中国社会科学》《哲学研究》《世界宗教研究》等刊物发表论文500多篇，《新华文摘》全文转载16篇；出版专著、译著20余部；获教育部高校人文社科优秀成果奖、江苏省哲学社科优秀成果奖等各类奖项20余项。